Kanal tedavisinin kısa dönem yani tedavi yapıldıktan hemen sonraki komplikasyonları birçok tedavide olabileceği gibi hafif hassasiyet, ağrı ve nadiren tedavi olan bölgede anesteziye ya da tedaviye bağlı şişlik ile sınırlıdır.
Orta vadede dişlerde fonksiyon sırasında hassasiyet nadiren görülebilmektedir. Burada dişin yansıra dişetinin sağlığı ve hastada diş sıkma ya da kapanış bozukluklarına bağlı tedavi dışı faktörler de etkili olabilmektedir.
Uzun dönemde kanal tedavisi yapılan dişlerde oluşabilecek en önemli komplikasyon dişlerde oluşabilecek kırıklardır. Özellikle tedavi sonrasında dolgu malzemeleri ve kaplamalar ile yeterince iyi restore edilemeyen dişlerin dikey olarak kırılması söz konusu olabilmektedir. Burada kanal tedavisi yapıldıktan sonra dişin tamirinin çok iyi yapılması gerekmektedir.
Iyi restore edilmeyen dişler dolgu ve diş arasından bakteri girişine olanak tanıyacağı için kanal tedavisinin de başarısızlığına neden olabilir .
